La pedaliera dapprima non ha registri propri; dalla metà secolo in poi, tuttavia, si assiste ad un notevole sviluppo dei registri del pedale per numero e varietà; sono di legno e di dimensioni rilevanti; accanto all'usuale registro di Contrabassi di sedici piedi, per gli organi più grandiosi sono documentati registri di Contrabassi con canne ancora più grandi; a questi si aggiungono altri registri ad anima (Ottave di rinforzo, Duodecima, Ripieno, Timpani o Timballi) ad ancia (Tromboni). L'estensione della pedaliera di solito è di diciassette tasti per altrettante note, ma il numero di quelle reali è abitualmente di dodici.

L'organo "barocco" è anche dotato di fantasiosi registri di particolare effetto sonoro tra cui: Usignoli, Tamburo imitante il rullare del tamburo; Campanini di bronzo. Il prospetto delle canne di facciata è vario; nella prima metà del secolo si propongono i modelli rinascimentali a cinque campi e a tre campi; nella seconda metà si diffonde quello ad unica campata a cuspide con o senza ali, che diventa il più diffuso; la collocazione del secondo corpo d'organo detto Eco è per lo più sul basamento a sinistra della tastiera; il crivello abitualmente è di cartone bianco; il somiere è costantemente di tipo "a vento" cioè con i ventilabrini; quello "a tiro" cioè a stecche, è usato per lo più negli organi di piccole dimensioni, nonché portativi; le catenacciature sono di ferro, ottone, legno.

I comandi dei registri sono di due tipi: manette poste lateralmente su una o più file verticali, azionabili con spostamento laterale ed incastro; pomelli a tiro con o senza incastro a seconda del tipo di somiere usato. L'organo è dotato anche di vari comandi accessori quali: pedaloni per il Tiratutti del Ripieno e per il Tiratutti della Combinazione preparabile, pedaletti ad incastro sopra la pedaliera, alcuni tasti della pedaliera, e altri ancora. La manticeria abbonda di mantici di tipo "a cuneo", con caricamento a stanghe o a corde collegate a stanghe o a carrucole. La distribuzione dell'aria ai somieri è ben organizzata, abbondante, di flusso costante.

Nell'accordatura viene utilizzato un temperamento di tipo inequabile, adattato alle esigenze armonico-tonali del tempo. Il "corista" è generalmente alto. Le canne hanno una pronuncia viva, frizzante, chiara; il suono è luminoso, caldo, argentino.

Un significativo esempio di espressione della fede popolare dell'epoca è nella musica organistica; in essa la gente trova gioia, conforto, serenità, occasione per esprimere un rapporto corale, comunitario e più partecipato con il divino, quasi che il Cielo dovesse essere partecipe delle vicende terrene; si vuole che il credo cattolico dia certezze, diversamente da quanto succede in ambienti di fede cristiana protestante in cui il rapporto con il divino è più sofferto, soggettivo e conflittuale. L'organo si adatta perfettamente a questa funzione.

Le diversità tra l'organo settecentesco Bossi e Serassi non stanno tanto nelle disposizioni foniche quanto nelle particolarità dei criteri di costruzione e nelle caratterizzazioni timbriche delle voci. I Bossi e i Serassi, pur legati saldamente alla tradizione dell'organo italiano, sono coraggiosi nella progettazione e nella realizzazione di grandiosi organi; nel corso del secolo svolgono un graduale e costante sforzo per il rinnovamento timbrico-espressivo dell'organo, tanto da diventare tra i rappresentanti più illustri nel panorama italiano.