Intorno alla metà del Seicento si può ritenere ormai conclusa la grande stagione dell'organo rinascimentale italiano, anche se per molti decenni si continuano a costruire strumenti secondo quel classico schema. Occorre precisare che l'organo degli inizi dell'età detta "barocca" viene considerato tardorinascimentale, perché strutturalmente non è diverso da quello rinascimentale: fonicamente è arricchito di registri "di colore", quali Cornetti, Regali, Rossignoli…; la tastiera è generalmente di cinquanta tasti con la prima ottava corta o in sesta (mancanti delle prime quattro note alterate) e con tasti corti e relativamente larghi; la pedaliera mantiene l'estensione di diciotto tasti; i somieri, per lo più di tipo "a vento", hanno le pressioni d'aria relativamente basse; le canne sono intonate a piena aria e hanno le bocche sotto o sopra il crivello, a seconda della progressiva lunghezza delle canne dal grave all'acuto; il crivello è ancora generalmente di cuoio; il temperamento è del tono medio più mitigato rispetto a quello del secolo precedente; il corista di solito è alto. Non si sente ancora l'esigenza di uno strumento ricco di colori timbrici e articolato in più corpi d'organo, come è nella tradizione d'Oltralpe, cosa che avverrà a partire dalla seconda metà del secolo.

Questo è dovuto ad un ben preciso ideale sonoro ed esecutivo: da una parte si è ancora legati all'antica prassi della polifonia, dall'altra c'è una continua ricerca di effetti sonori, basati sul virtuosismo delle diminuzioni, sull'eleganza degli abbellimenti, sul contrasto tra stile libero e severo, il tutto teso a destare nell'ascoltatore meraviglia e ammirazione.

Le forme coltivate sono per lo più quelle classiche della Toccata, del Ricercare, della Canzone, del versetto liturgico.

L'introduzione dei registri "spezzati" in bassi e soprani è ancora una risorsa lasciata quasi esclusivamente all'improvvisazione dell'esecutore. Quanto all'organo portativo, si tratta per lo più di organi, sulla base di quattro o due piedi, con estensione di quarantadue - quarantacinque tasti, quattro o cinque registri, per un totale di qualche centinaio di canne. Generalmente sono costruiti con cura e risultano molto gradevoli all'occhio per l'eleganza del mobile e delle decorazioni.

Pur con differenze regionali le sonorità rinascimentali del Principale e del Ripieno sono rimaste fino a oggi il fondamento dell’organaria italiana. Nell’organo italiano antico tutte le sonorità e sfumature coabitano su una sola tastiera e in un solo corpo d’organo; anche la pedaliera è di proporzioni ridotte. Per permettere all’organista una maggiore espressività, gli organari italiani ovviarono alla carenza della tastiera unica "spezzando" i registri in due a circa metà della tastiera allo scopo di poter eseguire una melodia con la mano destra (registri soprani) e accompagnarla con una sonorità diversa alla mano sinistra (registri bassi). Organi a due tastiere cominciarono a comparire in Italia con una certa regolarità solo durante l’Ottocento, ma non in due corpi architettonicamente separati, bensì sovrapposti in un’unica cassa.

In quel secolo l’organo italiano cercò inoltre di imitare l’orchestra per poter suonare nelle chiese delle trascrizioni dell’opera lirica. Gli organari costruirono organi sempre più ricchi e con registri accessori come i timpani, i campanelli, la grancassa. Celebri famiglie organare del secolo XIX furono i Serassi di Bergamo (originari di Como), gli Amati e i Lingiardi di Pavia, i Bianchi di Novi Ligure. Fu proprio Luigi Lingiardi (1814-1882) che per l’organo della collegiata di Trino vercellese (1855) coniò l’espressione "organo-orchestra" per indicare la sua interpretazione dello strumento.