Il Museo fa la sua prima apparizione su Internet nel 1995. Il sito, ospitato sul server del Cilea, conta soltanto alcune pagine informative sulle attività con particolare riferimento alla mostra "Marconi: una comunicazione lunga un secolo" che proprio in quel periodo veniva aperta.

Il sito www.museoscienza.org nasce ufficialmente il 26 gennaio 1998. La filosofia del sito è chiara dal principio: creare un "museo virtuale". L'obiettivo infatti è di presentare il Museo, ma anche offrire contenuti che vivano esclusivamente in rete. Una delle prime applicazioni è una sezione dedicata al funzionamento di Internet che, per mezzo di un software, mostra in tempo reale la strada che percorrono i dati dal computer dell'utente al sito del Museo.

Alla fine del giugno 1999 viene lanciato ufficialmente il progetto sperimentale “Leonardo Virtuale”: alcuni ambienti del Museo creati in computer grafica in cui più visitatori contemporaneamente dai loro computer possono esplorare i chiostri e approfondire il funzionamento di alcune macchine di Leonardo da Vinci. È in occasione di questo progetto che sul sito nasce la sezione “Museo virtuale”, destinata a raccogliere le esperienze multimediali. Debutta online anche la versione del sito in inglese per il pubblico internazionale.

Il 15 febbraio 2003 il Museo festeggia i suoi primi 50 anni. In occasione di questo importante evento, vengono rinnovati parte della grafica e della struttura del sito: la home page diventa più funzionale e alcune sezioni interne vengono migliorate. Nasce una sezione dedicata al cinquantenario ricca di contenuti multimediali.

Nei primi mesi del 2004 viene rilasciato online il progetto di ricerca Cimeli! ideato e realizzato dal Museo e commissionato e finanziato dal Servizio per l’Automazione Informatica e l’Innovazione Tecnologica del MIUR. Il progetto, che incrocia didattica, sviluppo del patrimonio storico e le nuove tecnologie della comunicazione, invita gli utenti a vestire i panni dei ricercatori e curatori museali per svolgere un lavoro di ricerca su 10 oggetti del Museo. Nel 2005 vincerà il 2° premio al eContent Award Italy categoria e-culture.

Nuovo aggiornamento in occasione dell’arrivo al Museo del sottomarino Toti. La home page cambia volto: la grossa immagine centrale del 1999 lascia il posto ad uno spazio più funzionale dedicato alle ultime notizie e ai grandi eventi del Museo. Le collezioni e le attività vengono riorganizzate.

Il 2006 è un anno ricco di novità per il Museo: aprono nuove sezioni espositive, nuovi i.lab, apre il bookshop completamente rinnovato.
La home page e il sito si trasformano ancora una volta per rappresentare questo forte cambiamento: viene dato maggiore spazio agli eventi, la sezione Leonardo viene arricchita di nuovi contenuti, nascono le sezioni Materie plastiche e Teatro al Museo. Il sito dedicato al sottomarino Enrico Toti diventa una vera e propria monografia di approfondimento costantemente aggiornata.

2007. Il nuovo sito

Il 31 gennaio 2007, per accogliere lo spirito di grande rinnovamento che anima il Museo, debutta online il nuovo sito, completamente rivisto nella struttura, nei servizi, nei contenuti e nella grafica.